По сюжету, более полутора сотен лет назад на планете Магалан случилась ужасная катастрофа, на планету упала комета, принесшая с собой новый, невиданный ранее ресурс — Elex. Этот минерал оказывает сильное воздействие на вещи, технику и даже людей, наделяя их необычными свойствами. Население планеты было расколото на 4 фракции, каждая из которых имела собственное видение мира и возможности использования Элекса.

  Всё началось с войны с орками, для победы в которой людям была нужна руда. Её добывали заключённые, у которых отняли будущее: жестокий король приказал магам навечно закрыть их на рудниках под волшебным куполом. Живым существам дорога сквозь него была открыта лишь в одном направлении - внутрь. Приказ был выполнен, но из-за роковой ошибки купол накрыл слишком большую территорию: в тюрьму превратилась целая страна. Под этим куполом суждено оказаться и вам.

  В стародавние времена на земле правил жестокий король Робар Второй, который относился к народу довольно неплохо, однако каждого провинившегося он отправлял навечно в шахты, заставляя добывать руду - самый ценный ресурс в этой стране.   Созданная им тюрьма для каторжников была ограждена магическим куполом, возведенным придворными магами, сумевшими создать его таким, что, пройдя за его пределы, ничто живое уже не могло вернуться обратно. Однако кудесники не рассчитали свои силы - оставшиеся в изоляции заключенные взяли под контроль тюрьму, установив там свои правила.

  Главный Герой игры, вместе с несколькими друзьями, приобретёнными во время первых двух игр, приплывает к побережью материка Мидленд королевства Миртана. После длительной борьбы Миртана, королевство людей, проиграла войну против вторгшихся на их земли орков. Орки держат под своим контролем все мало-мальски значительные города и дороги. Вот только столицу Миртаны, Венгард, они захватить не смогли. Маги круга огня укрыли город огромным магическим барьером, наподобие того, который был в колонии. Только этот ещё и никого не впускает внутрь.

  Сюжет Risen разделен на 4 главы («Глава 1: Запретный остров», «Глава 2: План инквизитора», «Глава 3: Храм» и «Глава 4: Титан»), в игре есть расы, нетипичные для фэнтези RPG. Сюжет предполагает возможность создания сиквела. В игре существует большое количество заданий и квестов, за прохождение которых зачастую даются специальные достижения.

Действие «Темных вод» начнется через несколько лет после событий, описанных в первой части игры. Внешность ГГ несколько изменилась, по отношении к первой части: волосы его отросли, на глазу повязка, скрывающая последствия использования Окуляра инквизитора Мендосы, оставшиеся с прошлой части.

 Добро пожаловать в Risen! Мир, забытый богами и раздираемый войной титанов, мир, где угроза исходит из самой земли. Вы - молодой воин, получивший удар из теней, лишивший вас души. Вам нужно отправиться в путь, чтобы вернуть то, что потеряно во тьме и расползается по миру.